Ատիպիկ բակտերիալ թոքաբորբերը հարուցվում են մի քանի ախտածին մանրէներով, ներառյալ՝ Mycoplasma pneumoniae-ն, Chlamydia pneumoniae-ն, Legionella pneumophila-ն, Chlamydia psittaci-ն, Coxiella burnetii-ն...